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2009/02/01

Edman degradation (エドマン分解)

ポリペプチドのアミノ末端(N-term.)から、アミノ酸残基を1つづつ切り離す方法。
アミノ酸組成の決定などに用いられる。

フェニルイソチオシアネートが、ペプチド鎖の電荷のない末端アミノ基と反応し、フェニルチオカモバイル誘導体を形成する。
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②次に、穏やかな酸性条件下で、この末端アミノ基の環状誘導体が切り離され、アミノ酸1個分だけ短くなったペプチドが残る。

③この遊離した環状化合物は、フェニルチオヒダントイン(PTH)-アミノ酸でクロマトグラフィーで同定できる。
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また、短くなったペプチドのアミノ酸組成と、もとのアミノ酸の組成を比較することにより、もとのペプチドのN-term.のアミノ酸がわかる。

④さらにエドマン分解を繰り返すことにより、ペプチドの完全な配列が明らかになる。

*50残基以上の長いペプチドの場合、Edman 分解の信頼性は低くなる(1回の分解で、必ずしもすべてのアミノ末端が遊離するとは限らない)。したがって、分断(酵素など)を2カ所以上行ってから Edman分解を行う。
例)臭化シアン(CNBr):Met残基のカルボキシ側で切断
   トリプシン      :Arg と Lis のカルボキシ側で切断
   キモトリプシン  :芳香族アミノ酸残基などの大きな非極性残基のカルボキシ側で切断

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